Bonjour,
Merci, et encore désolé du délai.
Alors, ce que j'ai trouvé, c'est que des catégories, qui n'étaient pas lié à aucune catégorie parente dans VM avaient été liées à la marque parente. Or, en tant que marque, elle n'est pas affichée par l'explorateur des catégories, et du coup les catégories finissaient sous la catégorie "racine", faute de mieux.
Dans le PHPMyAdmin, j'ai modifié la catégorie parente de ces catégories pour pointer sur la catégorie produit principale, j'ai reconstruit l'arbre, et cela à l'air d'être rentré dans l'ordre.