Канонические ссылки тесно связаны с меню.
Для категорий:
Например, создаете меню category, а у вас такое SEF-имя происано в настройках, тип пункта меню - список категорий Hikashop главной категории.
Если вы оставили пустым поле канонической ссылки, то при ваших настройках, при открытии сайта по /category откроются все категории, и для вашей категории будет прописана каноническая ссылка /category/nero-espresso.
Для того, чтобы ваша категория была доступна по /nero должен быть соответствующий пункт меню и алиас. Если такого меню нет, происходит то, что у вас сейчас.
Для товаров:
Предположим, у вас есть товар Товар 1 с алиасом tovar1, который принадлежит категории nero-espresso.
При ваших установках откройте на сайте /category, потом выберите вашу категорию nero-espresso по ссылке /category/nero-espresso. И в вашем товаре появится каноническая ссылка /category/nero-espresso/tovar1 (если в конфиге выставлено удалять идентификатор товаров и категорий из url, как сейчас у вас).
Если же у вас есть меню product как список всех товаров главной категории, и вы пройдете вначале по этому пункту, то каноническая ссылка будет совсем другой.
Как я делаю:
Создаю пункт меню для каждой категории отдельно, тип пункта меню - список товаров из заданной категории.
Алиасы категорий такие же, как алиасы пунктов меню.
Например, cat1, cat2, cat3.
Прописываю канонические ссылки для категорий как /cat1, /cat2, /cat3 соответственно.
После создания товаров, иду на сайт и открываю по очереди меню, товары в них получают нужные ссылки.
Например, /cat1/tovar1 для товара с алиасом tovar1 из категории с алиасом cat1.
Важно:
Канонические ссылки прописываются, как только на сайте появляется первый запрос на показ товара.
Если на сайте есть модули с товарами, то эти товары могут получить неправильные канонические ссылки. Так, что лучше модули отключить перед созданием большого количества товаров.
Всего хорошего