Bonjour,
HikaShop est une extension de Joomla et de fait utilise la même base de données et même plus que ça, elle utilise directement la table des utilisateurs de joomla. Il serait très compliqué de faire qu'une extension de joomla utilise une autre base de données, et vous auriez des soucis logique avec des commandes de HikaShop pointant vers des ids utilisateurs qui existeraient dans les trois bases de données joomla pour des utilisateurs différents, ce qui créera de gros problème.
Je vois deux solutions pour vous:
Soit vous arrivez à faire la séparation de vos sites à l'intérieur d'un même Joomla (via menus/modules, ce que vous voulez), et dans ce cas pas besoin de JMS.
Soit vous avez un Joomla par site et dans ce cas, si HikaShop doit être centralisé, il faudra utiliser JMS pour structurer les données comme vous le souhaité.