"product category" est le nom de votre catégorie de produits par défaut. Le fait de mettre tous les sous éléments signifie que le système affiche toutes les sous catégories de la catégorie sélectionnée dans l'option "catégorie parente". Sur le site de démo, l'option "filtre de sous élément" n'affiche que les sous éléments direct de la catégorie parente. Si cela ne vous affiche rien, cela signifie que vous n'avez tout simplement pas de sous catégories pour la catégorie parente que vous avez sélectionnée.
Concernant la liste des produits en double, c'est un problème de configuration du menu/module créés automatiquement pour votre module. Vous avez surement du les changer... Pour corriger le problème, le plus simple est de recréer un nouveau module pour vos catégories. Le système recréra ainsi le menu/module associé automatiquement avec les bonnes options.