De ce que j'en sais, les utilisateurs avec qui j'ai eu l'occasion de discuter ont beaucoup moins de soucis avec AceSef/JoomSef que sh404sef.
Mais personnellement je trouve que le SEF par défaut de joomla est très bien pour le référencement. Le principal est plutot de bien tout configurer comme il faut... Avoir un site map avec xmap, entrer les métadata dans vos articles et catégorie joomla, dans les produits et les catégories HikaShop, etc, éviter les URLs doublon avec les URLs canonical, et avoir du contenu de qualité biensur...