En fait ca dépend du dossier.
Par défaut, les dossiers sont: media/com_hikashop/upload et media/com_hikashop/upload/safe
si par exemple votre site est dans le dossier /home/user/www, hikashop va donc utiliser les dossiers /home/user/www/media/com_hikashop/upload et /home/user/www/media/com_hikashop/upload/safe
Cependant, pour le dossier sécurisé, vous pouvez le mettre en dehors du dossier du site pour plus de sécurité. Pour cela, il faut spécifier le chemin complet:
/home/user/safe
Il est toujours possible de mettre le chemin complet. Ca devrait tout le temps fonctionner.