Bonjour,
Si les produits ont des URLs canoniques (ce qui devrait être le cas pour le SEO), c'est facile à faire. Il suffit de changer la ligne:
echo '<img class="hikashop_product_compare_image" title="'.$this->escape(@$image->file_description).'" alt="'.$this->escape(@$image->file_name).'" src="'.$img->url.'"/>';
en:
echo '<a href="'.$element->product_canonical.'"><img class="hikashop_product_compare_image" title="'.$this->escape(@$image->file_description).'" alt="'.$this->escape(@$image->file_name).'" src="'.$img->url.'"/></a>';
dans le fichier "compare" de la vue "product".