Les mails d'inscrition au site sont renvoyés par l'adresse de Hikashop

Bonjour,

Lorsque vous installez HikaShop, HikaShop récupère l'adresse email global du site et la stocke dans son option d'adresse email d'envoi pour tous les emails envoyés par HikaShop.
Donc normalement, c'est la même adresse email.
Cependant, si vous changez l'une ou l'autre, alors oui, l'email de validation envoyée par HikaShop sera avec l'adresse email configurée dans HikaShop alors que l'email de validation envoyé par Joomle sera avec l'adresse email globale.
Mettez simplement la même.

Notez aussi qu'avec HikaShop Business, il est possible de configurer les emails via le menu Système>Emails et ainsi configurer des adresses email d'envoi différentes pour chaque type d'email envoyé par HikaShop.
Il est ainsi possible d'avoir une adresse email spécifique pour les commandes et une autre pour les validations de compte utilisateur envoyés par HikaShop.

Donc en bref, il n'y a pas de mélange.

Oui, tout à fait:
www.hikashop.com/extensions/upgrade-my-version.html

Bonjour,

Cet en-tête n'est pas dans les emails envoyés par HikaShop.
Mais oui, vous pouvez enlever cet en-tête de là où vous l'avez trouvé.

Bonjour,

C'est un en-tête PHP, un commentaire dans le code PHP. Cet en-tête est dans tous les fichiers PHP d'HikaShop et des en-têtes similaires sont dans tous les fichiers PHP de votre site. C'est un pré-requis de Joomla pour pouvoir lister une extension sur le JED.
Les commentaires PHP sont ignorés par PHP lorsque le code est exécuté par PHP. Il sont là uniquement à titre indicatif.
Donc avoir ou non ce commentaire à cet endroit ne changera en rien le contenu de l'email ni votre problème.
Cela ne changera rien du tout.

Le problème n'est pas au niveau d'HikaShop. Le problème, c'est que vos emails sont vus en tant que spam par certains serveurs emails.
Il y a deux choses à faire dans votre cas:
1. Tester les emails avec www.mail-tester.com/ pour repérer les soucis et essayer de les corriger. La plupart du temps, c'est un soucis de configuration du serveur, ou le serveur lui-même qui est blacklisté et nous ne pouvons rien faire pour vous aider là-dessus.
2. Ouvrir un email avec le soucis dans le menu Customers>Email history d'HikaShop, et faire une demande à votre hébergeur en lui demandant de faire quelque chose pour cet email (en lui fournissant toutes les informations de l'email) ou au moins de vous dire quoi faire si c'est quelque chose à régler de votre coté.