Bonjour,
De la façon dont vous avez configuré cela, oui, c'est normal.
Plutôt que de "bloqué" certaines méthodes de livraison pour certains produits, vous pouvez faire autrement. Créez deux entrepôts via le menu Système>Entrepôts (à livrer et à collecter). Ensuite, pour chaque produit, sélectionnez l'entrepôt correspondant.
Enfin, dans Système>Méthodes de livraison, vous pouvez configurer des méthodes de livraison pour chaque entrepôt.
Sur le passage en caisse, les produits seront groupés par entrepôts et une sélection de méthode de livraison sera proposée pour chaque groupe.