Rebonjour,
sinon elle reste en "créée" et le client se retrouve avec plusieurs commandes et ne sait plus quoi faire :-/
Ben normalement il a plusieurs commandes créée dont la dernière est confirmée (vu qu'il a du payer la dernière). Ensuite, vous pouvez simplement automatiquement annuler les commandes créées au bout d'un moment (il y a un plugin pour cela: order auto cancel).
J'imagine que c'est plutôt l'email de création de commande qui est envoyé à l'utilisateur et qui l'induit en erreur car il en reçoit plusieurs d'affilé.
Donc oui, comme vous dites à la fin de votre message, la solution, c'est de désactiver l'email order creation notification.
Concernant les méthodes de paiement offline, c'est une question de configuration de la méthode de paiement. Les méthodes virement et chèque ont une option qui permet de changer le statut de la commande à la création et d'envoyer un email à l'utilisateur. Et dans ce cas, c'est le order status notification qui est envoyé.
Donc vous pourriez les configurer pour changer le statut de la commande en "pending" avec notification. Ainsi, l'utilisateur n'aura pour PayPal que l'email après le paiement, et pour virement/chèque, il aura toujours un email avec les infos.