Bonjour,
Le plugin PDF ne supporte pas l'affichage des champs personnalisés de type produit. C'est parce que HikaShop rajoute une colonne au tableau des produits pour les champs personnalisés de type produit. Or, avec la librairie PDF, c'est assez compliquer de rajouter des colonnes à ce tableau sans casser le design de la facture.
Donc si vous voulez faire un affichage, il faudra rajouter du code PHP au fichier servant à la facture PDF dans le plugin.
Et oui, l'affichage des champ personnalisés de type produit sur tout ce qui touche à la commande ( emails, facture, vues front, vues back ) ne gère pas l'hérédité produit principal->variante. C'est parce que cela complexifierait le code et nécessiterait de charger beaucoup de données extra avec des requêtes MySQL en plus, pour quelque chose d'assez niche comme besoin.
Donc il va falloir faire appel à un développeur pour rajouter cela si vous avez besoin de ça.