Bonjour,
Tout dépend de ce que vous voulez faire en fait.
Déjà, le "multisite natif" requiert quand même la personnalisation du htaccess, et pour les modules, l'utilisation d'Advanced modules manager. Donc ce n'est pas 100% natif. Mais disons qu'on est pas loin en effet d'une solution native et que c'est possible avec un peu de connaissance. Le lien explique bien ce qu'il faut faire, donc si cela vous convient, pourquoi pas.
Surtout, si vous n'avez pas besoin d'avoir une gestion de la boutique séparée, alors ça va. Si vous voulez avoir une gestion distincte, alors là, cela demande une solution genre JMS. D'ailleurs, le lien fonctionne chez moi, même si leur site à l'air super lent en ce moment. Ils doivent être en train de travailler dessus.