Es sieht so aus, als wenn du "Root" unter "Kategoriezuordnung" gewählt hast. Prompt gehorcht das System und zeigt dir womöglich alle Kategorien unter Root.
Dann scheint es, dass du deine Produktkategorien nicht unter "Product categories" angelegt hast, sondern irgendwoanders, und anscheinend im Root. Das kann gutgehen... oder aber eines Tages mal Probleme bereiten.
Also: eventuell die Produktkategorien dort anlegen, wo bereits vorgesorgt ist, und ganz sicher dann die richtige Kategoriezuordnung in den Moduleinstellungen vornehmen.