Bonjour,
Ce n'est pas un popup mais le module panier.
Le module panier affiche le panier courant.
Normalement, le panier courant est supprimé à la fin de la commande, et si l'utilisateur a plusieurs paniers, le panier suivant devient le panier courant.
Il est probable que vous avez l'option "enable multiple cart" activée dans la configuration HikaShop, et que vous ayez plusieurs paniers avec le même contenu, suite à vos tests, ce qui vous fait croire que le panier n'est pas supprimé suite à la commande.
Donc vérifiez que cette option est désactivée si vous ne voulez qu'un panier par utilisateur.
Et ensuite, vous pouvez aller dans le menu Customers>Carts pour supprimer les paniers liés à votre compte utilisateur. Ensuite, refaites un test et vous ne devriez pas avoir le problème.