Bonjour,
Si les popups sont vides, c'est surement un soucis de javascript entre votre template et le système de popup de Joomla.
Si vous êtes sous Joomla 3, vous avez une option "Popup mode" dans l'onglet Affichage de la configuration qui permet de changer le mode d'affichage des popups. Cela devrait permettre de contourner le problème.
Et oui, le plugin PDF invoice permet justement d'inclure la facture en PDF à l'email de notification de confirmation de commande, après la notification du paiement PayPal.