Bon, j'ai bidouillé un peu les statuts de commande. Si je remets manuellement le statut sur aucun dans un premier temps et que je repasse ensuite sur confirmée, le lien de téléchargement apparaît.
Mais, à la validation de la commande par le client, le statut confirmée mis automatiquement ne génère pas le lien... il semblerait, au vu du message adressé au client, que même si le sélect du front end est positionné sur confirmée et la ligne de l'historique itou, le script la considère toujours comme simplement créée, ce que pourrait corroborer la présence des deux lignes dans l'historique, à l'inverse de ce qui se passe avec le plugin Paypal...