Bonjour,
J'ai trouvé le problème.
C'est un souci de personnalisation de la page produit.
Il y a une erreur dans l'un des override de vue de la page produit qui fait que le navigateur voit les données des variantes comme étant à l'intérieur du form de la page produit au lieu d'être à l'extérieur:
i.imgur.com/dMvumcS.png
A cause de cela, lorsque l'ajout au panier est effectué, en plus de l'id de la variante sélectionnée, il y a également l'id des autres variantes puis l'id du produit principal dans la requête envoyée au serveur:
i.imgur.com/C7Y8Wfk.png
Or, dans ce cas, seul le dernier id, l'id du produit principal, est pris en compte.
Et c'est pour cela que le prix du produit dans le panier est gratuit, vu que vous n'avez configuré que des prix dans les variantes, et pas dans le produit principal.
Donc il va falloir revoir vos overrides de vue dans templates/YOUR_TEMPLATE/html/com_hikashop/product/
L'un d'eux doit être à l'origine du problème.